免疫共沉淀（Co-immunoprecipitation, 简称Co‑IP）是研究蛋白-蛋白相互作用的经典技术，因其操作相对简便、特异性强、可用于天然状态下的互作验证，广泛应用于信号通路解析、复合物构建与功能机制研究等领域。然而，尽管Co‑IP在文献中应用频繁，实验失败率却不容忽视。许多科研人员在实际操作中遇到“靶标拉不下来”“背景太高”“互作验证失败”等问题。

一、蛋白表达水平不足或互作本身较弱

1、问题表现

• 靶蛋白或互作蛋白信号微弱，Western blot检测不到。
• 同位素标记或质谱中未检测到预期互作物。

2、可能原因

• 蛋白天然表达水平低。
• 互作仅在特定刺激或时间窗口下发生。
• 蛋白复合物不稳定或亲和力较弱。

3、解决方案

• 采用过表达系统增强蛋白水平，但需控制表达量，避免非特异互作。
• 优化刺激条件（如药物处理、时间点选择）。
• 使用交联剂（如DSP、Formaldehyde）稳定蛋白复合物，尤其适用于质谱分析前处理。

二、裂解条件过于“激进”或不够温和

1、问题表现

• 拉不下蛋白复合物。
• Co-IP后仅拉下单一蛋白，互作蛋白丢失。

2、可能原因

• 裂解液中去污剂浓度过高，破坏蛋白互作。
• 缺乏适当的离子强度或pH缓冲体系，影响蛋白稳定性。

3、解决方案

• 选择温和裂解缓冲液（如NP-40、Triton X-100等非离子型去污剂）。
• 优化裂解液配方（如150 mM NaCl，50 mM Tris pH 7.5）。
• 避免使用SDS、DOC等强去污剂，除非验证蛋白仍能互作。

三、抗体质量问题或选择不当

1、问题表现

• Co-IP效率低，拉不下目的蛋白。
• Western blot结果无特异条带或杂带过多。

2、可能原因

• 抗体亲和力不够或识别表位在互作区域。
• 抗体本身带有重链、轻链干扰（尤其影响质谱分析）。
• 使用了未经IP验证的抗体。

3、解决方案

• 优选已验证用于Co-IP的抗体（尤其是文献或商业品牌中明确标注的IP-grade抗体）。
• 使用抗体交联（如Protein A/G磁珠交联法）避免抗体链污染。
• 可考虑tag融合（如FLAG, HA, Myc）+商业抗tag抗体组合。

四、非特异结合导致背景信号高

1、问题表现

• Western blot中IgG条带显著。
• 质谱中检测到大量“背景蛋白”（如热休克蛋白、核糖体蛋白）。

2、可能原因

• 非特异蛋白吸附在磁珠/抗体上。
• 样本中富集蛋白易干扰。

3、解决方案

• 加入适量封闭剂（如BSA、酵母tRNA）减少非特异结合。
• 设置严格对照组（如IgG对照、Beads only组）。
• 洗涤步骤适当加强，避免丢失特异互作物的前提下提高选择性。

五、洗脱方式影响后续分析

1、问题表现

• Western blot检测不到互作蛋白。
• 质谱识别率低，蛋白回收率差。

2、可能原因

• 洗脱条件过于剧烈，导致降解或变性。
• 洗脱液中成分干扰下游分析（如含SDS、甘油、DTT等）。

3、解决方案

• 使用温和洗脱（如低pH甘氨酸，或竞争性肽洗脱）。
• 针对质谱，使用无盐、无去污剂的洗脱体系，并配合固相清洗。

六、互作蛋白不稳定或瞬时互作

1、问题表现

• 实验重复性差，不同批次检测结果不一致。
• 仅在某些条件下观察到互作信号。

2、可能原因

• 某些蛋白互作高度动态化，存在于特定细胞周期或刺激状态。
• 某些互作依赖特定翻译后修饰（如磷酸化）。

3、解决方案

• 对照细胞状态并设多组实验条件。
• 配合酶抑制剂（如蛋白酶、磷酸酶抑制剂）保护互作。
• 考虑使用质谱方法进行互作谱全景识别，提供互作网络图谱信息。

七、从Co-IP走向定量蛋白互作组学：Co-IP-MS的优势

传统Co-IP+WB验证仅限于“点对点”的蛋白互作研究，而当研究目标是探索潜在新互作蛋白或构建复合物组时，Co-IP结合质谱（Co-IP-MS）已成为主流趋势。

通过高分辨质谱平台（如Orbitrap Fusion Lumos或Exploris 480），可在一次Co-IP实验中实现：

1、全面筛选互作蛋白。

2、定量比较不同条件下的互作变化。

3、辅助构建信号通路网络图谱。

百泰派克生物科技提供全流程的Co-IP-MS服务，包括实验设计、抗体筛选、上样优化、交联条件测试、质谱分析与生信注释，助力科研人员从“拉不下来”到“全面识别”，大幅提升互作研究的深度与效率。

Co-IP是一项既“传统”又“技术细腻”的实验方法，失败往往不是因为技术落后，而是对细节把控不足。如果您正在进行蛋白互作研究，或希望将传统Co-IP升级为高通量识别的Co-IP-MS蛋白组学平台，欢迎联系百泰派克生物科技。百泰派克生物科技将以专业的技术平台和丰富的实战经验，为您的科研项目赋能。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

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3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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